১৯৭১ সালে মহান মুক্তিযুদ্ধে লন্ডনে অবস্থানরত ব্যারিস্টার মওদুদকে পোস্টমাস্টার জেনারেল নিয়োগ করে মুজিবনগর সরকার। মুক্তিযুদ্ধ সংক্রান্ত ডাকটিকিট প্রকাশ ও শুভেচ্ছামূল্য বাবদ অর্থ সংগ্রহের দায়িত্ব্ব নেন তিনি। মুক্তিযুদ্ধের ডাকটিকিট বিক্রি থেকে সংগ্রহ করা অর্থের মোটা অঙ্ক আত্মসাৎ করার অভিযোগ ছিল তার বিরুদ্ধে।

১৯৭৩ সালে বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমানের সরকারের সময় ব্যারিস্টার মওদুদের বিরুদ্ধে বিদেশি গোয়েন্দা সংস্থার চর অভিযোগ এনে তাকে গ্রেপ্তার করা হয়। পল্লীকবি জসীম উদ্দীনের একান্ত আবেদনে বঙ্গবন্ধু তাকে মুক্তি দিয়েছিলেন।

উল্লেখ্য, মওদুদ পল্লীকবির জামাতা। তবে মওদুদের কাছ থেকে এই মর্মে লিখিত অঙ্গীকারনামা নেওয়া হয় যে, তিনি জীবনে কোনোদিন রাজনীতি করবেন না। কিন্তু সে অঙ্গীকারনামা ‘মওদুদনামায়’ পরিণত হয়। পরবর্তী জীবনে তিনি কখনো কোনো অঙ্গীকার পালনের ধার ধারেননি। জিয়াউর রহমান ক্ষমতায় আসার পর ব্যারিস্টার মওদুদকে তার মন্ত্রিসভার সদস্য হিসেবে নিয়েছিলেন। ইস্ট-ওয়েস্ট ইন্টারকালেক্টর প্রকল্পে দুর্নীতির অভিযোগে পরে তাকে মন্ত্রিসভা থেকে অব্যাহতি দিয়েছিলেন। মন্ত্রিসভা থেকে বাদ পড়ার পর জিয়াউর রহমানের ক্ষমতার শেষভাগে মওদুদ ছিলেন সে-সময়কার বিএনপির বিদ্রোহী শিবিরে।
১৯৮২ সালে এরশাদের সামরিক শাসনামলে গুলশানের বাড়ি সংক্রান্ত মামলায় মওদুদের বাড়ি বাজেয়াপ্ত হয়। তিনি ১২ বছরের কারাদণ্ডে দণ্ডিত হয়েছিলেন। অবশ্য এ-মামলার পরই ১৯৮৩ সালে এরশাদের সামরিক সরকারেরই মন্ত্রী হয়েছিলেন মওদুদ।

বিএনপির প্রতিষ্ঠাকাল থেকেই নানা বিতর্কিত কর্মকাণ্ডে জড়িয়েছেন মওদুদ আহমদ। বিএনপি সরকারের সময় ১৯৮০ সালে জিয়াউর রহমানের কর্মসূচির বিরোধিতা করায় তাকে উপপ্রধানমন্ত্রী থেকে বরখাস্ত করা হয়। বেগম জিয়ার সঙ্গে ১৯৮৫ সালে কুমিল্লা সফর থেকে ফেরার সময় গাড়ি দুর্ঘটনার শিকার হন। ঢাকায় এসে তিনি বলেন, ‘এটা দুর্ঘটনা নয়, পরিকল্পিত ঘটনা। আমাকে হত্যা করতে চেয়েছিলেন খালেদা জিয়া ও স্বৈরাচার এরশাদ।’ হাসপাতালেও ভর্তি হন মওদুদ। কিন্তু সবাইকে অবাক করে দিয়ে তিনদিন পরই সেখান থেকে সরাসরি বঙ্গভবনে গিয়ে এরশাদ সরকারের মন্ত্রী হিসেবে শপথ নেন।

বিগত ৪ দলীয় জোট সরকারের আমলে তৎকালীন প্রধান বিচারপতি কেএম হাসানকে তত্ত্বাবধায়ক সরকারের প্রধান করার ইস্যুতে সমালোচনার ঝড় বয়ে যায়। বিচারপতিদের চাকরির বয়স বাড়িয়ে হাসানকে প্রধান উপদেষ্টা করার আইডিয়া আসে মওদুদের মাথা থেকেই। এর মাধ্যমে তিনি আওয়ামী লীগকে আন্দোলনের পথে ঠেলে দেন। ক্যান্টনমেন্ট থেকে খালেদা জিয়াকে উচ্ছেদের মামলা চলাকালেও বিতর্কিত হন মওদুদ। চেয়ারপারসনের সেই দুঃসময়ে তিনি ছিলেন বিদেশে।

দলবদলে সিদ্ধহস্ত এ-নেতা এরশাদ সরকারের উপ-প্রধানমন্ত্রী, প্রধানমন্ত্রী ও উপ-রাষ্ট্রপতির দায়িত্ব পালন করেন। এরশাদ সরকারের পতনের আগ মুহূর্তেও এরশাদের পক্ষে সংবিধান এবং আইন দেখিয়ে আলোচিত হয়েছিলেন মওদুদ।

পরবর্তী সময়ে বিএনপিতে যোগ দিয়ে সংসদ সদস্য নির্বাচিত হয়ে ১৯৯১ সালে বিএনপির মন্ত্রিসভায় যোগ দেন। সর্বশেষ ২০০১ সালের নির্বাচনে বিএনপির টিকিটে এমপি হয়ে আইন, বিচার ও সংসদ বিষয়ক মন্ত্রণালয়ের মন্ত্রী হন। দেখা যাচ্ছে যে মুজিব-জিয়া-এরশাদ-খালেদা সরকারের খেদমত করেছেন দলবদলের রাজনীতির ঝানু খেলোয়াড় মওদুদ।

বিএনপি-জামাত জোট সরকারের আমলে বিচার বিভাগকে তছনছ করেছেন ব্যারিস্টার মওদুদ। আইনের মারপ্যাঁচে তিনি বিভিন্নভাবে দুর্নীতির আশ্রয় নিয়েছেন। বিচারকদের বয়স বাড়িয়ে নিজের দলের লোককে তত্ত্বাবধায়ক সরকারের প্রধান উপদেষ্টা করতে তিনি একটি আইন পাস করেন। তার বুদ্ধিতেই জোট সরকার বিচারপতি এম এ আজিজকে প্রধান নির্বাচন কমিশনার নিয়োগ করে। তিনিই অযোগ্য লোকদের বিচারপতি নিয়োগ করেন। তবে জাল সনদধারী লোককে বিচারপতি নিয়োগ করে ন্যাক্কারতম ইতিহাসটি সৃষ্টি করেছেন মওদুদ। তার কারণেই বিচার বিভাগ স্বাধীন হয়নি বলে দেশের মানুষ মনে করেছেন